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更新時間：2016-05-16 
瀏覽次數：2775環狀RNA（Circular RNA, CircRNA），是一種廣泛存在于生物體內的特殊RNA分子，與線性RNA相比，穩定性高，現已證實CircRNA廣泛存在于生物體內，與線性RNA相比，穩定性高，對microRNA具有重要調控作用。CircRNA于2012年被科學家發現，2013年Nature雜志報道兩篇關于CircRNA的研究成果，由此關于CircRNA的研究開始引起科學家的重視。利用高通量測序技術可鑒定CircRNA在生物樣本中的種類、表達豐度及結構，對CircRNA的研究起到重要的推動作用。
項目流程：
RNA樣品
樣品檢測
去除rRNA
去除線性RNA
CircRNA片段化
雙鏈cDNA合成
片段選擇和PCR擴增
上機測序
數據質控
生物信息分析
免費索取一代細胞增殖檢測技術資料信息，無需抗體，輕松獲取更加準確的實驗數據
分析內容：
分析項目 |
原始數據整理、過濾及質量評估 |
參考基因組注釋信息整理 |
比對到參考基因組及結果評估 |
eggNOG分類分析 |
circRNA篩選 |
circRNA表達量統計 |
circRNA來源基因分析 |
circRNA差異表達分析 |
差異circRNA GO富集分析 |
差異circRNA KEGG富集分析 |
差異circRNA 聚類分析 |
microRNA結合位點分析 |
| CircRNA測序 |
樣本要求 | RNA樣品總量: ≥4 μg； RNA樣品濃度: ≥80 ng/μL |
rRNA去除 | Illumina rRNA去除試劑盒 |
線性RNA去除 | Illumina RNase R |
文庫類型 | 鏈特異性文庫 |
測序平臺 | Illumina HiSeq 4000/NextSeq 500平臺 |
讀長模式 | 2×150bp |
數據量要求 | 5G/10G |
項目周期 | 50個工作日 |
案例分析1：
RNA結合蛋白QKI調節環狀RNA的形成
The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs
澳大利亞南澳大學，南澳病理學研究所的研究人員通過高通量測序和蛋白組學等手段，對人HMLE細胞系細胞和發生上皮間質轉化（epithelial-mesenchymal transition，EMT）后的mesHMLE細胞進行了研究，發現EMT過程中大量的circRNA的形成會受到RNA結合蛋白QKI的動態調控，并且證實插入QKI蛋白結合位點的正常線性剪接體也會形成新的circRNA結構。這些發現表明了circRNA在EMT即上皮間質轉化中發揮著特定的生物學作用。
圖1 全轉錄組的總circRNA和來源于無差異高豐度轉錄本的circRNA的分布比例
圖2 circRNA及其同源線性mRNA的豐度差異倍數的相關性
圖3 circRNA在HMLE（上皮細胞）和 mesHMLE（間質化細胞）中的相對豐度
案例分析2：
天然環狀RNA有效的起到micro RNA海綿的作用
Natural RNA circles function as efficient micro RNA sponges
mi RNA活性已被證明受mi RNA海綿體存在的影響, 奧爾胡斯大學分子生物學和遺傳學、神經生物學研究等研究人員在人和小鼠腦中發現高度表達的環狀RNA，稱之為ci RS-7。在老鼠大腦中,我們觀察到ci RS-7和mi R7共表達，尤其是在皮層和海馬神經元,說明高度的內生互動；進一步研究證明睪丸中特殊的環狀RNA--Sry,作為一個mi R - 138海綿體,表明mi RNA海綿體普遍受到環狀RNA結構的影響。
圖1 ci RS-7的結構、保持和異源表達
圖2 ci RS-7和mi R-7之間的交互作用
圖3 ci RS-7作為一個海綿體作用于mi R7
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